Caucaia do alto já foi "terra dos índios" e exatamente por ser um sertão relativamente próximo da vila de São Paulo, e ponto estratégico de avanço no sistema da Serra do Mar, não é de espantar que tenha atraído a cobiça dos bandeirantes no seu processo colonizatório. A nação carijó que provavelmente habitava esta região foi capturada, dizimada ou expulsa muito cedo dos domínios caucaianos.

É de 1637 a mais antiga citação documentada da região de Caucaia, por Calixto da Motta e outros em petição de 10 de novembro que pedia terras : "lhes fizesse mercê de lhes dar a terra de Caucaia que vai pelo caminho que vae da vila de São Paulo" no volume 1 do Livro das Sesmarias.

Em 1783 existe o registro em 9 de abril do vigário Alexandre Luiz de Oliveira, da paróquia de Cotia, documentando a morte do escravo Paulo, com 70 anos, de propriedade de João Albuquerque (seria parente do João Albuquerque que foi o primeiro "prefeito" de Cotia, indicado intendente em 1893?), que teve seus restos mortais sepultados em área da Irmandade da Conceição (a mesma Irmandade Nossa Senhora Mãe dos Desamparados), na aldeia de Caucaia.

A fundação do centro do vilarejo propriamente dito, se confunde com a história religiosa do local. A primeira igreja de Caucaia tem sua origem ligada à figura de um professor, Rodolfo Rodrigues, que veio para a vila, além de alguns personagens de famílias pioneiras.Na época da chegada do prof. Rodolfo, o centro de Caucaia tinha apenas umas 4 casas e era perto do extinto campo de futebol velho (onde hoje está sendo construído um galpão e existem dois postos de gasolina). Já existiam famílias residindo em Caucaia, em algumas terras mais retiradas, como por exemplo o bairro dos Nunes ou da Cachoeira.

No Livro do Tombo da paróquia de Cotia, que vai de 1878-1912, na página 14 (verso) temos a citação de Pe. Scarcia Domingos Antonio falando da capela de Nossa Senhora da Conceição em Caucaia.

Em 1890, para concorrer com o monopólio da "Ingleza" (São Paulo Railway) de Santos à Jundiaí, a Sorocabana inicia o projeto para alcançar Santos, saindo de Sorocaba. Esse fato iria afetar a vida do distrito , pois em Caucaia iria passar um dos ramais da ferrovia. O projeto é moroso, e não pode ser desenvolvido escolhendo o caminho mais curto, e só em 1935 a Mairinque-Santos é inaugurada totalmente.

Em 17 de março de 1894 é feito o registro dos três primeiros batizados em Caucaia do Alto na igreja, pelo Pe. Antonio Pires Guerreiro. Foram batizadas as seguintes crianças: Luiz, filho de Benedito Leite Machado e Laurinda Maria de Jesus; Joze, filho de João d’Albuquerque Ferreira e Felícia Godinho d’Albuquerque; e Paulino, filho de Francisco Pires d’Albuquerque Silva e Maria Vaz Pires.

Em 4 de outubro de 1894, nos arquivos da Cúria Metropolitana, encontra-se um pedido de provisão quinquenal para Caucaia : "Diz o cidadão Randolfo Moreira Fernandes que, existindo no bairro de Caucaia, freguezia da Vila de Cotia, uma capella sob invocação de Nossa Senhora da Conceição, a qual se acha com a necessária decência para a celebração do Santo Sacrifício e mais atos religiosos, vem pedir a V. Excia Revmo se digne conceder provisão quinquenal para a mesma capella".

Consta de depoimento de morador antigo (Luís Dias de Oliveira), por estória que lhe foi contada pelo pai, que o prof. Rodolfo trouxe o bispo para inaugurar a capela de Caucaia e crismar. O bispo fez um sermão que o povo não entendeu nada. Então o prof. Rodolfo fez um sermão paro o povo que entendeu tudo. O bispo cumprimentou o professor porque ele era muito esperto. O prof Rodolfo foi o primeiro zelador da igreja.

Em 4 de dezembro de 1901 é aprovado o estatuto da Irmandade Nossa Senhora da Conceição, Mãe dos Desamparados, em Caucaia do Alto. Nessa época, era comum um grupo de leigos se reunir sob uma irmandade de devoção, para incentivar assuntos religiosos. José Manoel de Oliveira foi o primeiro presidente da Irmandade, formada inicialmente por 12 homens.

Quando professor Rodolfo foi embora, Joaquim Pires de Oliveira ficou como zelador da Igreja. Em 1906, no mês de novembro é solicitada a provisão quinquenal pedida por Joaquim.

No dia primeiro de fevereiro de 1913 o Pe Alfredo Julio Soares Pereira Coutinho Almas, que era vigário da paróquia de Cotia, visitou a igreja de Caucaia e solicitou do encarregado reparos indispensáveis. Aos 4 de dezembro do mesmo ano foi dada nova provisão quinquenal pelo arcebispo Dom Duarte Leopoldo e Silva, após constatação da completa reforma da igreja.

No mesmo Livro do Tombo anteriormente citado, nas páginas 155(verso) e 156, temos a seguinte descrição : " ... Capella de Nossa Senhora da Conceição. Sob a invocação existe a do bairro de Caucaia, ereta e dirigida por uma associação religiosa, uma das melhores capellas da paróquia, de grandes proporções, forrada e assoalhada, limpa interna e externamente, com sacristia no fundo da parte superior, quatro sinos sobre as janelas da frente, com um coreto, cercado ao lado por um gradil de madeira. Além da imagem de Nossa Senhora, de pequena proporção, existem outras sob diversas invocações, inclusive uma de São José. Tem uma pequena banqueta de madeira e crucifixo. Não dispôe de paramentos para a provisão quinquenal: ali, por mais de uma vez, tenho celebrado, como vigário, missas e batizados..."

Aos 8 de dezembro de 1917 (por ocasião da festa de Nossa Senhora da Imaculada Conceição, o Pe. Artur Leite de Souza, vigário da paróquia de Cotia, registra que a capela de Caucaia estava limpa e adaptada para o culto.

Joaquim Pires de Oliveira (pai de Roque Celestino Pires) doou terras (onde hoje ainda é o cemitério em Caucaia) e o local foi cercado de pau-a-pique. Um dos primeiros a serem enterrados no cemitério oficial era o chamado Joaquim Voluntário ou Joaquim Volunso, embaixo do coqueiro que ainda existe.

Segundo testemunho dos antigos, em 1926 moravam em Caucaia cerca de 20 famílias. O largo em volta da igreja tinha algumas casas e as vendas. Uma cadeia para os bêbados existia defronte onde hoje é o Bradesco, no local em que até pouco tempo atrás (março de 2000) existia um chafariz. Essa cadeia foi demolida para dar lugar a uma construção de Roque Celestino Pires, onde se fez uma sala de aula e moradia para os professores.

Em 1928/30 foi construída nova casa no centro, que recebeu as grades da antiga cadeia dos bêbados, e foi provisoriamente cadeia. Nesse tempo já existia a casa de Joaquim Jeca ao lado da igreja e também a de fogos (onde se guardava os fogos de artifício para as festas) que até hoje pode ser observada e é hoje o bar e lanchonete São Judas Tadeu, no centro de Caucaia.

Em 1931 foi inaugurada a estação férrea de Caucaia do Alto. Em 1935 Caucaia passa a figurar no mapa ferroviário do estado, no trecho Mairinque -Santos da Sorocabana.

Em 1936/40 a cadeia provisória foi transformada em casa paroquial, como se conserva té hoje.

Em 1939 só existiam casinhas de pau-a-pique em torno da igreja, exceções feitas a apenas três casas, construídas de tijolo.

Pe Miguel Arcanjo, ainda na década de 40, se refere à igreja de Caucaia como sendo " distante 15 kms da Matriz de Cotia, com capela antiga mas boa, bem espaçosa (24 x 8 metros) com 20 bancos e bons e três sinos. É consagrada a Imaculada Conceição, tendo uma imagem de uns 60 cms de nossa senhora colocada sobre um ótimo altar de mármore. A igrejinha está num largo, rodeada por umas 25 casas. No largo, em frente à igreja, há uma escola municipal com 40 alunos."