Não existe uma versão final que explique a origem do nome Caucaia. João Barcellos, em seus "Subsídios..." nota a existência de uma Caucaia também no Ceará, aldeia de potiguares, cujo nome é derivado de caucaá, uma planta medicinal do Alto Amazonas. Mas como a Caucaia cotiana situa-se no sertão itapecericano, o historiador português conclue que talvez o nome tenha saído das palavras kakuáá e kakaaikoé (tupi-guarani que significa enorme, grande ou alto). Outras versões para o nome apontam ainda para o tupi-guarani: caá-ocaia significa a mata que se queima, e dá nome a serra entre Cotia e Ibiúna. Caá-caiuá significa ainda planta ou plantação de juás, arbusto medicinal nativo ainda hoje encontrado em matas caucaianas, uma espécie de jurubeba. Caá-ocaia pode ser ainda a região da mata onde se queimam pedras para reduzir a pó (cal). Seria a Caucaia que se refere Joaquim Floriano de Godoy em seu "A província de São Paulo" quando diz que: "a pedra caucárea abunda em muitos pontos da província. Em Paranahyba, Sorocaba, Cutia, ..., existem fábricas de cal de pedra que é muito superior ao cal de ostras..."?

Versões populares explicam o nome de uma maneira singela. A primeira remete aos irmãos Nunes, que penduraram um capote com o nome de Cau e quiseram que o capote caísse, então gritaram " Cau caia". Conta a lenda que o prof. Rodolfo achava graça de chamar aquele lugar e os lugares por baixo de Caucaia.

A segunda versão popular conta que defronte a original igreja, existiam palmeiras altas que davam coquinhos amarelos, e a criançada tentava derrubar os frutinhos gritando "Coco caia, coco caia" então o lugar ficou sendo chamado de Cocaia. Mais uma vez a figura lendária do prof. Rodolfo entra em cena, falando "pros moleques e pro povo que Cocaia era feio" e ensinou a falar Caucaia.